Encontrei dois artigos bem interessantes para quem quiser criar uma ferramenta para encontrar processos escondidos como por exemplo virus e trojans que em muitos casos estão instalados mas não aparecem nos processos em execução do gestor de tarefas do Windows.
Código:
http://blog.scanit.net/index.php?/archives/6-Detect-Hidden-Processes-Part-1.html
http://blog.scanit.net/index.php?/archives/7-Detect-Hidden-Processes-Part-2.html