Tens tantos programas grátis, por exemplo o HPFORMAT TOOL ou simplesmente com o pen ligada ao pc, vais a computador/disco c e ai onde te aparece a pen, clicas com o rato do lado direito em cima e colocas a formatar.
Mais simples não pode ser, só se isso tiver vírus, e der que tem a escrita protegida, ai já tem de ser de outra maneira.
Olha aqui vários programas gratuitos para isso
Baixaki - Ferramentas para pendrives