A questão não tem a haver exatamente com gestão do disco mas sim com uma questão de interpretação do tamanho do megabyte.
Os fabricantes dos discos atribuem o tamanho do disco baseando-se que um megabyte é igual a 1 000 000 de bytes, enquanto que o sistema operativo Windows considera que um megabyte é igual a 1 048 576 bytes e por isso é que há essa discrepância.
Podem ver no link em baixo uma explicação de como isso funciona.
h**p://pt.wikipedia.org/wiki/Megabyte